在早期GIS开发中，空间数据库的使用比较少，一般都是使用Arcgis Engine进行GIS空间分析等功能的开发，或者通过Spatial Database Engine（sde）空间数据引擎调用数据库的数据进行功能开发，开源方面，gdal使用的也比较多。
随着技术的发展，现在好多数据库的都支持空间数据扩展，不管是关系型数据库，还是NoSQL数据库，常见的有Oracle数据库的空间，SQL Server2008版本以后也加入了空间扩展，MySQL有空间扩展，Postgresql专门的扩展Postgis，文件型的Sqlite也能通过各种开发语言，实现空间数据的扩展（Spatialite），NoSQL中的mongodb、couchbase同样也能够实现空间数据的相关操作。
对比于操作shapefile等文件类型的空间数据，空间数据库在存储、开发、效率上有相当不错的优势。
开发一个GIS的分析功能，使用文件类型的空间数据，需要使用开发语言，将数据读取一遍，逐个进行分析，查验结果，而在空间数据库中，简单的只需要一个sql语句，就能将结果获取出来，这在代码的编写数量可能就减少不少工作量，数据库引擎一般都经过相当的优化，在分析过程的效率对比自己读取也会有相当的提高，而且有些空间数据库还能提供一些类似于路径分析的高级分析，这也能提高GIS应用开发的效率。
数据存储更新方面，文件数据的修改，一般都需要通过专门的工具进行修改，更新数据也就相当于对于整个文件修改，在数据库中的数据，存储更新，也可能通过几个sql语句就能够进行修改，不同的数据库，可将空间数据表的坐标信息导出成wkt、wkb等通用格式，方便数据的迁移，而且wkt、wkb格式在各类地图引擎中，都有可用的api直接解析成平台的坐标信息。
数据的共享，目前各类gis发布软件，能够支持连接数据库的数据，进行共享发布，再通过开发的业务数据服务，支持BS\CS客户端的数据访问。
