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2024年09月

• 09.19 14:13:05
  发表了文章 2024-09-19 14:13:05

  文献解读 -Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral pangenome to individual infection quasispecies

  研究者对病毒突变谱进行了分析，为遗传指纹提供了基础。该研究将泛基因组分析与有针对性的深度测序SARS-CoV-2临床样本联系起来，确定了个体患者体内发生的准物种突变，并与超过70,000种其他菌株相比确定了它们的一般患病率。对这些遗传指纹的分析可以提供一种进行分子接触追踪的方法。

  
• 09.11 16:52:55
  发表了文章 2024-09-11 16:52:55

  文献解读-The trans-omics landscape of COVID-19

  研究展示了从无症状到危重症的大量 COVID-19 患者中血液样本的跨组学景观，提供了与COVID-19相关的新见解和治疗靶点，以及破译COVID-19及其潜在机制的宝贵线索。

  
• 09.11 16:36:27
  发表了文章 2024-09-11 16:36:27

  文献解读-Genome-wide imputation using the practical haplotype graph in the heterozygous crop cassava

  PHG是一种将基因组简化为一组单倍型的方法。这种方法可用于从稀疏的基因分型信息中预测杂合子物种中的全基因组单倍型。它的高精度，特别是在稀有等位基因中，在非常低的测序深度下，使其成为一种潜在的强大插补工具。
• 09.03 09:34:31
  发表了文章 2024-09-03 09:34:31

  Sentieon 应用教程 | 使用CNVscope进行CNV检测分析

  CNVscope是Sentieon推出的一款基于机器学习的全基因组CNV分析检测模块。该模块主要用于检测大于5kb的拷贝数增加或缺失，方法是通过分析reads的深度信息，并结合断点检测等其他特征进行拷贝数判断。

2024年08月

• 08.28 10:51:46
  发表了文章 2024-08-28 10:51:46

  文献解读-《Beta-amylase and phosphatidic acid involved in recalcitrant seed germination of Chinese chestnut》

  研究表明栽培板栗种子的发芽率受到自然选择和人工选择等多种因素的影响，且提出了板栗种子萌发调控机制的可能工作模型。这些发现将有助于提高坚硬种子的发芽率，并为其他坚硬种子萌发提供见解。

2024年07月

• 07.25 10:03:28
  发表了文章 2024-07-25 10:03:28

  文献解读农业系列第八期|《有害突变在多倍体棉花中积累速度快于二倍体棉花，且在亚基因组间不平衡》

  该研究为基因组多倍体化提供了一个全基因组视角，对理解有害突变的进化命运具有重要的意义。
• 07.16 15:57:40
  发表了文章 2024-07-16 15:57:40

  Sentieon | 应用教程：唯一分子标识符(UMI)

  **Sentieon®工具通过UMI处理NGS数据，减少PCR误差和提高变异检测准确性。流程包括：umi extract（提取UMI标签），bwa mem对齐，umi consensus（创建一致性分子），再次对齐并排序。umi extract根据读取结构提取条形码，umi consensus生成共识Fastq，最终比对产生用于变异调用的BAM文件。该流程适用于体细胞突变检测，推荐使用TNscope®。日志提供质量控制信息，如组大小直方图和双工统计。**
• 07.15 16:41:50
  发表了文章 2024-07-15 16:41:50

  Sentieon | 应用教程：Sentieon分布模式

  本文档描述了如何利用Sentieon®基因组学工具的分片能力将DNAseq®流程分布到多台服务器上；将其他流程（如TNseq®）进行分布遵循相同原则，因为所有Sentieon®基因组学工具都具有相同的内置分布式处理能力。这种分布的目标是为了减少流程的总运行时间，以更快地生成结果；然而，这种分布也会带来一些额外的开销，使计算成本增加。

2024年05月

• 05.28 11:00:59
  发表了文章 2024-05-28 11:00:59

  文献解读-群体基因组第一期|《对BMI的影响：探究BMI的基因型-环境效应》

  该文探讨了童年不良经历(ACEs)如何通过基因型-环境交互作用影响体重指数(BMI)。研究基于43,000名参与者的全外显子测序数据，发现在ACEs暴露下，55个基因变异与BMI有显著关联。研究表明，ACEs不仅直接导致不良健康结果，还可能增强某些基因对健康的负面影响。因此，未来研究应重视童年经历对健康的影响及其与遗传变异的交互作用，以改善患者的整体健康。
• 04.22 23:09:11
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  Sentieon | 每周文献-Multi-omics-第四十一期

  **多组学研究揭示人类前额皮质发育中的遗传变化与转录组协调，文章发表于2020年《Cell Reports》，利用Sentieon软件分析全基因组和RNA测序数据，发现约12,000个基因表达在协调的胎儿晚期转变中变化，关联神经精神疾病。另一研究对比了EGFR生物标志物检测方法对胶质母细胞瘤精准医疗的影响， Sentieon软件同样用于变异检测，强调了检测方法的一致性和比较的重要性。Sentieon是高效精准的基因变异检测软件，广泛应用在多个生命科学领域。**
• 03.01 18:15:48
  发表了文章 2024-03-01 18:15:48

  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第三十四期

  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第三十四期
• 02.24 17:11:17
  发表了文章 2024-02-24 17:11:17

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第三十三期

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第三十三期
• 02.24 17:10:22
  发表了文章 2024-02-24 17:10:22

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第三十二期

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第三十二期
• 02.24 17:09:49
  发表了文章 2024-02-24 17:09:49

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics-第三十一期

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics-第三十一期
• 02.24 17:09:21
  发表了文章 2024-02-24 17:09:21

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study-第三十期

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study-第三十期
• 02.24 17:08:46
  发表了文章 2024-02-24 17:08:46

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing-第二十九期

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing-第二十九期
• 02.24 17:08:16
  发表了文章 2024-02-24 17:08:16

  Sentieon | 每周文献-Gene Editing-第二十八期

  Sentieon | 每周文献-Gene Editing-第二十八期
• 02.24 17:07:40
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  Sentieon | 每周文献-Epidemiology-第二十七期

  Sentieon | 每周文献-Epidemiology-第二十七期
• 02.24 17:07:10
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  Sentieon | 每周文献-Agrigenomics-第二十六期

  Sentieon | 每周文献-Agrigenomics-第二十六期
• 02.24 17:06:31
  发表了文章 2024-02-24 17:06:31

  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第二十四期

  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第二十四期
• 02.24 17:05:57
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  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第二十三期

  Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第二十三期
• 02.24 17:05:23
  发表了文章 2024-02-24 17:05:23

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第二十二期

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第二十二期
• 02.24 17:04:24
  发表了文章 2024-02-24 17:04:24

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第二十一期

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第二十一期
• 02.24 00:18:23
  发表了文章 2024-02-24 00:18:23

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study-第十九期

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study-第十九期
• 02.24 00:06:20
  发表了文章 2024-02-24 00:06:20

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics-第二十期

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics-第二十期
• 02.24 00:04:23
  发表了文章 2024-02-24 00:04:23

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing-第十八期

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing-第十八期
• 01.19 00:20:15
  发表了文章 2024-01-19 00:20:15

  Sentieon | 每周文献-Tumor Sequencing-第十四期

  Sentieon | 每周文献-Tumor Sequencing-第十四期

2023年08月

• 08.25 17:15:20
  发表了文章 2023-08-25 17:15:20

  Sentieon | 应用教程: TNscope®使用机器学习模型进行有匹配正常样本的体细胞变异发现

  Sentieon | 应用教程: TNscope®使用机器学习模型进行有匹配正常样本的体细胞变异发现
• 08.25 14:04:09
  发表了文章 2023-08-25 14:04:09

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第十一期

  Sentieon | 每周文献-Clinical Trial-第十一期
• 08.22 17:01:05
  发表了文章 2023-08-22 17:01:05

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第十期

  Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy-第十期
• 08.22 16:59:40
  发表了文章 2023-08-22 16:59:40

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics（多组学）-第九期

  Sentieon | 每周文献-Multi-omics（多组学）-第九期

  
• 08.22 16:57:13
  发表了文章 2023-08-22 16:57:13

  Sentieon | 应用教程: 关于读段组的建议

  Sentieon | 应用教程: 关于读段组的建议
• 08.22 16:56:11
  发表了文章 2023-08-22 16:56:11

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study（基准与方法研究）-第八期

  Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study（基准与方法研究）-第八期
• 08.22 16:54:49
  发表了文章 2023-08-22 16:54:49

  Sentieon｜应用教程：利用Sentieon Python API引擎为自研算法加速

  Sentieon｜应用教程：利用Sentieon Python API引擎为自研算法加速
• 08.22 16:33:35
  发表了文章 2023-08-22 16:33:35

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

  Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期
• 08.22 16:32:02
  发表了文章 2023-08-22 16:32:02

  使用Sentieon加速甲基化WGBS数据分析

  使用Sentieon加速甲基化WGBS数据分析

  
• 08.22 16:23:16
  发表了文章 2023-08-22 16:23:16

  靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

  靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！
• 08.22 16:21:08
  发表了文章 2023-08-22 16:21:08

  Hap-eval：Sentieon开源的多测序平台SV精度评估工具

  Hap-eval：Sentieon开源的多测序平台SV精度评估工具
• 08.22 16:18:27
  发表了文章 2023-08-22 16:18:27

  基因组大数据计算: CPU和GPU加速方案深度评测

  基因组大数据计算: CPU和GPU加速方案深度评测

  
• 08.22 16:16:42
  发表了文章 2023-08-22 16:16:42

  Sentieon DNAscope：适配多测序平台数据的快速精准分析流程

  Sentieon DNAscope：适配多测序平台数据的快速精准分析流程