近来,疫情得到了控制,各个地方也都慢慢恢复了往常的热闹。在疫情期间,踊跃出来了很多不错的项目,可以提供我们了解学习。
对于机器学习,对于普通技术人员有种望而止步的既视感。现在,我们结合SpringBoot加Deep Java Library (DJL)构建示例Web应用程序。
Deep Java Library(DJL)是Java的开源深度学习库,用于诊断X射线图像上的COVID-19。
它具有一个使用Twitter Bootstrap和JQuery构建的简单静态HTML页面,用户可以将图像URL提交到REST api,DJL库将在其中下载图像和预测是否是被COVID-19感染的肺部的X射线图像。
到源代码的链接包含在这篇文章的结尾。
免责声明:这只是基于https://github.com/ieee8023/covid-chestxray-dataset上的数据集的演示应用程序, 不应将其用于实际医学诊断。
DJL 是基于Java的库,支持多种深度学习框架,例如 Apache MxNet, PyTorch 和 Tensorflow。由于大多数深度学习引擎都是使用Python而不是Java构建的,因此DJL内置了引擎适配器来访问这些引擎的本机共享库。
DJL以一种优雅的方式做到了这一点,使得根据用例从一个框架切换到另一个框架变得非常简单。
<properties>
<java.version>1.8</java.version>
<ai.djl.version>0.5.0</ai.djl.version>
<jna.version>5.3.0</jna.version>
<tensorflow-native-auto.version>2.1.0</tensorflow-native-auto.version>
</properties>
<dependencies>
<!-- Spring Boot web starter -->
<dependency>
<groupId>org.springframework.boot</groupId>
<artifactId>spring-boot-starter-web</artifactId>
</dependency>
<dependency>
<groupId>commons-io</groupId>
<artifactId>commons-io</artifactId>
<version>2.6</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>org.projectlombok</groupId>
<artifactId>lombok</artifactId>
<optional>true</optional>
</dependency>
<!-- DJL 相关依赖 -->
<dependency>
<groupId>ai.djl</groupId>
<artifactId>api</artifactId>
<version>${ai.djl.version}</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>ai.djl.tensorflow</groupId>
<artifactId>tensorflow-api</artifactId>
<version>${ai.djl.version}</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>ai.djl.tensorflow</groupId>
<artifactId>tensorflow-engine</artifactId>
<version>${ai.djl.version}</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>ai.djl.tensorflow</groupId>
<artifactId>tensorflow-native-auto</artifactId>
<version>${tensorflow-native-auto.version}</version>
<scope>runtime</scope>
</dependency>
<dependency>
<groupId>net.java.dev.jna</groupId>
<artifactId>jna</artifactId>
<version>${jna.version}</version>
</dependency>
</dependencies>
@SpringBootApplication
public class XRayApplication {
public static void main(String[] args) {
SpringApplication.run(XRayApplication.class, args);
}
}
与配置Redis之类的中间件一样,我们使用DJL,需要进行关联的配置。可以采用xml配置,当然根据SpringBoot更优雅的实现,采用@Configuration。
@Configuration
public class DjlConfig {
@Bean
public ZooModel xrayModel() throws Exception {
//创建模型 输入BufferedImage 和Classifications类别
Criteria<BufferedImage, Classifications> criteria =
Criteria.builder()
.setTypes(BufferedImage.class, Classifications.class)
.optTranslator(new XrayTranslator())
.build();
return ModelZoo.loadModel(criteria);
}
// 内部类 构建 解析器
public static final class XrayTranslator implements Translator<BufferedImage, Classifications> {
private static final List<String> CLASSES = Arrays.asList("covid-19", "normal");
@Override
public NDList processInput(TranslatorContext ctx, BufferedImage input) {
NDArray array =
BufferedImageUtils.toNDArray(
ctx.getNDManager(), input, NDImageUtils.Flag.COLOR);
array = NDImageUtils.resize(array, 224).div(255.0f);
return new NDList(array);
}
@Override
public Classifications processOutput(TranslatorContext ctx, NDList list) {
NDArray probabilities = list.singletonOrThrow();
return new Classifications(CLASSES, probabilities);
}
}
}
@Service
public class Covid19Service {
@Autowired
private ZooModel xrayModel;
//业务逻辑,分析图片数据
public String diagnose(String imageUrl) {
try (Predictor<BufferedImage, Classifications> predictor = xrayModel.newPredictor()) {
Classifications result = predictor.predict(BufferedImageUtils.fromUrl(imageUrl));
return "Diagnose: "
+ result.best().getClassName()
+ " , probability: "
+ result.best().getProbability();
} catch (Exception e) {
throw new RuntimeException("Failed to diagnose", e);
}
}
}
ZooModel
在DjlConfig
类中创建的 bean 是自动装配的,并在diagnose()
具有imageUrl
参数的 方法中使用 。
在该方法内,我们 通过预训练的Tensorflow模型Predictor
使用该try-resource
块创建一个 对象 (因为预测器在执行后需要关闭),并使用它来运行 BufferedImage(
使用imageUrl
参数创建的 对象。
有关该模型的更多详细信息,请访问:https://www.pyimagesearch.com/2020/03/16/detecting-covid-19-in-x-ray-images-with-keras-tensorflow-and-deep-learning/ 。
一旦diagnose()
运行该 方法, Classifications
结果对象将显示X射线图像上的肺部是否被COVID-19感染,以及出现的可能性。
控制器类定义了REST API来诊断X射线图像,这些图像将由我们的简单前端应用程序使用
@RestController
@RequestMapping(value = "/api/v1", produces = MediaType.APPLICATION_JSON_VALUE)
public class Covid19Controller {
/**
* 通过构造器,注入服务类
*/
private final Covid19Service covid19Service;
public Covid19Controller(Covid19Service covid19Service) {
this.covid19Service = covid19Service;
}
@GetMapping("/covid19/diagnose")
public ResponseEntity diagnose(@RequestParam String imageUrl) {
String answer = covid19Service.diagnose(imageUrl);
return ResponseEntity.ok(Collections.singletonMap("result", answer));
}
}
具体类注解的使用,应该使用过SpringBoot的小伙伴,都了解作用。不是很清晰的同学,可以去SpringBoot官方查看相关资料。
Spring Boot应用程序具有一个简单的静态 index.html
文件作为诊断REST api的前端客户端,它使用Twitter Bootstrap进行响应式设计,并使用JQuery进行REST api调用
<head>
<link rel="stylesheet" href="/css/bootstrap.min.css"/>
<script src="/js/jquery.min.js"></script>
</head>
<form id="diagnoseForm" class="mb-4">
<div class="input-group">
<input type="url" id="imageUrl" class="form-control" required placeholder="输入图像url" aria-label="Image URL">
<div class="input-group-append">
<button class="btn btn-outline-primary">提交</button>
</div>
</div>
</form>
<div class="row ml-1">
<div id="spinnerDiagnose" class="text-primary" role="status">
<span class="sr-only">Loading...</span>
</div>
<div id="diagnose"></div>
</div>
$( "#diagnoseForm" ).submit(function( event ) {
// 获取图片值
const imageUrl = $('#imageUrl').val();
$('#spinnerDiagnose').addClass('spinner-border');
// 清空
$('#diagnose').html('');
$.ajax('/api/v1/covid19/diagnose?imageUrl='+imageUrl).done(data => {
$('#spinnerDiagnose').removeClass('spinner-border');
$('#diagnose').html(data.result);
}).fail(err => {
$('#spinnerDiagnose').removeClass('spinner-border');
$('#diagnose').html('Failed to get answer');
});
event.preventDefault();
});
到此整个代码,完毕。
该应用环境必须需要Tensorflow的支持,因此需要下载对应的训练模型。
在项目的根文件夹中运行以下命令:
mkdir models
cd models
curl https://djl-tensorflow-javacpp.s3.amazonaws.com/tensorflow-models/covid-19/saved_model.zip | jar xv
cd ..
./mvnw spring-boot:run -Dai.djl.repository.zoo.location=models/saved_model
之后,就可以在http://localhost:8080/index.html 进行X射线图像URL的诊断。要使用的示例图像参考如下:
源码在公众号,后台回复机器学习源码获取
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