Java用ArrayList存文件不完整 报错

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这个程序的功能有计算一个文件夹内.java文件的个数和字符个数。现在假设文件夹里面就只有一个文件。我把文件里面的内容一行一行地读出来存到ArrayList里面，可是当我在parse()里面执行完collectDoc(file)，再输出list后发现，就只输出了文件的后半部分，文件的前半部分不知道去哪里了

package counter; import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.FileReader; import java.io.FileWriter; import java.io.File; import java.util.ArrayList; import java.util.HashMap; import java.util.Iterator; import java.util.Map; import java.util.Set; import java.util.TreeSet; import java.util.regex.Matcher; import java.util.regex.Pattern; public class AnalysisFileNumber { private int numberOfJavaSourceFiles; private File directory; private int countChar;//所有文件的字符数 private ArrayList<String> list; private Map<String,Integer> map; private String dirName;

private  int countNote;
private int charInNote;

public AnalysisFileNumber(File directory,String dirname) throws Exception{
    this.directory = directory;
    this.dirName=dirname;
    list=new ArrayList<String>();
    map=new HashMap<String, Integer>();
    this.parse(directory, 1);
    //writeDoc();//将结果写入文件
}

private void parse(File dir, int n) throws Exception{
    File[] files = dir.listFiles();
    for (File file : files) {
        if (file.isDirectory()) {
            parse(file, n + 1); // 递归
        }else {
            if (file.getName().toLowerCase().endsWith(".java")) {
                this.numberOfJavaSourceFiles++;
                 
                //将文件存入list中，并计算字符数
                collectDoc(file);                    
            }
        }    
    }
}

public void collectDoc(File file) throws Exception{ FileReader reader = new FileReader(file); BufferedReader br = new BufferedReader(reader); list.clear();//在收录文件前先清空list String s = br.readLine(); while(s!=null) { countChar = countChar+s.length()+1;//字符个数就是字符长度 list.add(s);//list存的是单个文件 // System.out.println(s); s = br.readLine(); } for(int i=0;i<list.size();i++) { System.out.println(list.get(i)); } br.close(); }