开发者社区> 问答> 正文

如何通过 AGS 创建基因工作流?

如何通过 AGS 创建基因工作流?

展开
收起
小天使爱美 2020-03-31 21:17:40 823 0
1 条回答
写回答
取消 提交回答
  • 调用 StartWorkflow 创建一个新的基因工作流。

    请求信息 请求行 RequestLine

    POST /gs/workflow HTTP/1.1 特有请求头 RequestHead

    无,请参考 公共请求头部。

    请求体 RequestBody

    这里以mapping为例 { "workflow_type": "mapping", "service": "s" (#SLA: [n: normal|s: silver|g: gold|p: platinum]) "mapping_oss_region": "cn-shenzhen", "mapping_fastq_first_filename": "MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_1.fq.gz", "mapping_fastq_second_filename": "MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_2.fq.gz", "mapping_bucket_name": "gene-shenzhen", "mapping_fastq_path": "fastq/MGISEQ2000", "mapping_reference_path": "reference/hg19", [Optional] "mapping_is_mark_dup": "true", "mapping_bam_out_path": "output/bamDirName", "mapping_bam_out_filename": "abc.bam" }

    这里以WGS为例 { "workflow_type": "wgs", "service": "s" (#SLA: [n: normal|s: silver|g: gold|p: platinum]), "wgs_oss_region": "cn-shenzhen", "wgs_fastq_first_filename": "MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_1.fq.gz", "wgs_fastq_second_filename": "MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_2.fq.gz", "wgs_bucket_name": "gene-shenzhen", "wgs_fastq_path": "fastq/MGISEQ2000", "wgs_reference_path": "reference/hg19", "wgs_vcf_out_path": "output/vcf", "wgs_vcf_out_filename": "abc.vcf" } 表 1. 请求体解释 名称 类型 描述 workflow_type String 工作流类型,可选值:wgs 或 mapping。 service String SLA 类型,可选值:n、s、g、p。 mapping_oss_region String mapping oss 数据的存放 region。 mapping_fastq_first_filename String mapping 的第一个 fastq 文件名。 mapping_fastq_second_filename String mapping 的第二个 fastq 文件名。 mapping_bucket_name String 存放 mapping 的 bucket 名称。 mapping_fastq_path String mapping 的 fastq 文件路径。 mapping_reference_path String mapping 的 reference 文件位置。 mapping_is_mark_dup String 是否进行 dup。 mapping_bam_out_path String bam 文件输出路径。 mapping_bam_out_filename String bam 文件输出名称。 wgs_oss_region String wgs oss 数据的存放 region。 wgs_fastq_first_filename String wgs 的第一个 fastq 文件名。 wgs_fastq_second_filename String wgs 的第二个 fastq 文件名。 wgs_bucket_name String 存放 wgs 的 bucket 名称。 wgs_fastq_path String wgs 的 fastq 文件路径。 wgs_reference_path String wgs 的 fastq 文件路径。 wgs_vcf_out_path String wgs 的 vcf 输出路径。 wgs_vcf_out_filename String wgs 的 vcf 输出文件名称。 返回信息 返回行 ResponseLine

    HTTP/1.1 200 OK 特有返回头 ResponseHead

    无,请参考 公共返回头部。

    返回体 ResponseBody

    这里以mapping为例 { JobName: mapping-gpu-66xv7 }

    这里以 wgs 为例 { JobName: wgs-gpu-tvltf } 表 2. 返回体解释 名称 类型 描述 JobName String 工作流名称 示例 请求示例(Python)

    #!/usr/bin/env python

    coding=utf-8

    from aliyunsdkcore.client import AcsClient from aliyunsdkcore.request import CommonRequest import os

    os.environ.setdefault('DEBUG', 'sdk')

    client = AcsClient(os.environ['accessKeyID'], os.environ['accessKeySecret'], 'cn-beijing')

    request = CommonRequest() request.set_accept_format('json') request.set_method('POST') request.set_protocol_type('https') # https | http request.set_domain('cs.cn-beijing.aliyuncs.com') request.set_version('2015-12-15')

    request.add_query_param('RegionId', "cn-shenzhen") request.add_header('Content-Type', 'application/json') request.set_uri_pattern('/gs/workflow') body = '''{"cli_version":"v1.0.1-882299b","wgs_bucket_name":"my-test-shenzhen","wgs_fastq_first_name":"MGISEQ/MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_1.fq.gz","wgs_fastq_second_name":"MGISEQ/MGISEQ2000_PCR-free_NA12878_1_V100003043_L01_2.fq.gz","wgs_oss_region":"cn-shenzhen","wgs_reference_file":"hs37d5","wgs_service":"g","wgs_vcf_File_name":"vcf/MGISEQ_NA12878_hs37d5_13.vcf","workflow_type":"WGS"}''' request.set_content(body.encode('utf-8')) response = client.do_action_with_exception(request)

    2020-03-31 21:19:56
    赞同 展开评论 打赏
问答地址:
问答排行榜
最热
最新

相关电子书

更多
优化4K制作流程,创建“4K视觉云”服务 立即下载
基于图的智能可观察性 立即下载
生命密码-基因数据的EMR实践 立即下载