如何使用LAMMPS？

官网 http://lammps.sandia.gov/ 。

简介 LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款经典分子动力学软件。LAMMPS包含的势可用于固体材料（金属、半导体）、软物质（生物大分子，聚合物）、粗粒化或介观尺度模型体系。

算例 1 “3d Lennard-Jones melt” 准备工作 运行以下示例需要在创建集群时选择安装LAMMPS相关软件包。

setup_LAMMPS

同时还需选择所依赖的相关MPI库

setup_mpi

以及可视化结果查询服务中用到的VMD

vmd

操作步骤 1.. 进入EHPC控制台作业界面，点击右上角创建作业。

2.. 在创建作业页面左侧添加用户信息，和作业执行命令：

./lammps.pbs 3.. 点击页面右侧编辑作业文件按钮，新建作业文件lammps.pbs脚本和3d Lennard-Jones melt算例文件lj.in。

lammps.pbs脚本: #!/bin/sh #PBS -l select=2:ncpus=1:mpiprocs=1 #PBS -j oe export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/ module load lammps-openmpi/31Mar17 module load openmpi/1.10.7 echo "run at the beginning" mpirun lmp -in ./lj.in lj.in算例文件: lj.in

4.. 提交作业，等待作业运行完成。

5.. ‘VNC+VMD’方式查看作业运行结果内容：

如果没有安装VMD，进入集群界面，安装VMD。 VMD

打开远程可视化VNC服务（创建集群时必须打开可视化服务按钮）。 在可视化服务窗口，右键打开open Terminal，在root用户下输入： /opt/vmd/1.9.3/vmd 在VMD Main页面，点击file按钮新建一个Molecule，其中filename文件为集群用户目录（如：/home/alibaba/sample.xyz）下的sample.xyz文件，file type类型为automatically,最后直接点击load按钮进行加载即可。 load结果

6.. 3d Lennard-Jones melt算例结果可视化展示：

结果模型