量产DNA:象制造芯片一样

简介:

Emily Leproust是热门生物技术Twist Bioscience公司的首席执行官和创始人,她是位投身纳米技术的实业家。 “我提醒公司里的各位,我们是一家制造公司,”她说。 “我们制造的是DNA。”




Twist的是年轻的合成生物学产业的一部分,它生产活的生物组织,生物实验室是工厂车间。制造DNA的生产线-组装生命基本组成部分基因的遗传密码,科学家正在创造世界从来没有见过的生物。而这些新的生命形式可能有重要用途:生物学家已经创造了制药的酵母细胞和酿造喷气燃料的藻类。


这种新兴的商业过去一直受到限制,因为DNA生产过程是一个耗费人力、需要训练有素的实验人员艰苦组装的过程。现在,很多聪明的初创公司都竞相使用充满现代感的DNA自动装配线,类似于计算机芯片的晶圆厂的生产工艺。由于他们的创新降低了构建DNA链的成本,这些企业家们正瞄准一个更低的价格,这将导致市场繁荣。Twist Bioscience设在旧金山的总部将于2016开始正式商业运营,这将是一家杀入市场的有力的竞争者。


组成遗传物质的分子称为碱基,在DNA中碱基的类型有四种即胞嘧啶、鸟嘌呤、腺嘌呤、胸腺嘧啶,缩写代码为C、G、A、T。这些编码的排列顺序包含着特定的遗传信息,指示一个有机体如何构建其生命功能。在人类中,这个DNA编码的长度为32亿个字符,而应用于烘焙和酿造啤酒的酵母的DNA编码具有约1200万字符。如果编码的顺序被调整,将改变生物体机能构成的指令。合成生物学家将新写的编码片段插入到由微生物产生酵母的DNA,从而能让一般的玫瑰花产生出在鱼油或芳香油中发现的ω-3脂肪酸。


实际上,构建DNA并不复杂,这是一个在世界各地的实验室进行的例行程序。但是,程序通常是用手工进行的,Twist公司的研究人员Leproust说:“微生物学是个体力活,你得需要一个博士生一整天从一个试管到另一个试管不断地移动液体”。因此,她和同事发明了一种可以自动化处理的机器。


该机器的核心是一个布满了10000个小孔的硅板,它利用了类似电脑芯片生产的光刻技术制成。每一个600微毫米宽的小孔都允许构建一个不同的DNA链。用Leproust的话说:该机器使用了和博士生完全一致的化学过程,只是在体积上小了100倍。”


Twist公司出售的不是它的机器而是合成DNA的服务,这项服务主要是面向研究基因修饰的研究人员和创业公司。2015年Twist公司开始为部分用户提供服务,2016年它将全面展开这项业务。DNA合成是以单个碱基为单位进行收费的,Leproust说她公司提供的10 cents/每碱基的起始价已经是行业最优惠的价格。但是她正在向2 cents/每碱基的价格努力,她说:“基于这个价格,研究者们可以显著增加实验的规模,不会再被DNA合成的成本所限制。”如今,客户们订购的DNA链长度通常包含300-1800个碱基。


另一家位于San Francisco地区的生物合成领域的创业公司Zymergen,可以为客户提供更多样化的服务。它不仅能以便宜的价格合成DNA片段,还可以将该片段插入微生物的基因,并观测结果。该公司首席科学家Zach Serber解释说,他们可以根据实验结果进行下一轮DNA设计,让客户快速重复实验,以便寻找最理想的微生物。他说:“就好像你撒了一张大网,当你认定某一种变异可以提高微生物的性能,你再以此为基础继续做下去。”


这些服务在合成生物领域掀起了一场关于“微生物晶圆厂”的热议。但是,实现大规模生产DNA的前景并未打动生物技术顾问和BioEconomy资本风险基金的总经理Rob Carlson,他表示他不懂这种商业模式。


Carlson对低价DNA合成会导致开发微生物产品的创业公司的大量增加表示怀疑。他认为:“虽然可以合成并检测更多的DNA,但这本来就不是最困难的步骤。从小试到中试再到商业生产,这些要占到90%的成本 - 这才是困难所在。”例如,对于一家用酵母生产药物的创业公司来说,它必须用很多发酵罐来生产微生物。降低最初的DNA合成成本对于公司来说只是九牛一毛,也许只会让大家说一句“太好了,我们周五有钱买啤酒或者更多的匹萨了”。


◆ ◆ 

小知识


  • 第一个人类合成的生命是一种细菌Mycoplasma laboratorium,其基因组大小约100万个碱基对, 包含了485个基因,是Craig Venter博士带领他的团队在自己的研究所完成的,这是人类有史以来通过化学原料合成的第一个“活”的生命,时间是2010年。


  • 人类基因组包含了2万多个基因,基因大小不等:胰岛素基因的大小约 1600 个碱基,而增加乳腺癌风险的BRCA1基因,大小约为 81000 碱基。


◆ ◆ 

编后语


虽然大家对该技术的前景有争议,但快速有效的DNA合成结合近来大红大紫的CRISPR技术,将会大大提高我们对基因及基因组研究的效率。


原文发布时间为:2016-03-01

本文来自云栖社区合作伙伴“大数据文摘”,了解相关信息可以关注“BigDataDigest”微信公众号

相关文章
|
4月前
|
数据采集 消息中间件 缓存
别再一把梭TF-IDF了:从文本清洗到向量化,一条真正“能用”的NLP数据管道
别再一把梭TF-IDF了:从文本清洗到向量化,一条真正“能用”的NLP数据管道
516 2
|
机器学习/深度学习 应用服务中间件 Linux
API一键搭建智能时光相册,记录你的美
API时代,要搭建一个云相册,就相对来说简单很多,或者说一个开发人员就可以快速实现,并且还能具备智能分析识别、归类、搜索等功能齐全的智能云相册。
4539 0
|
7月前
|
人工智能 自然语言处理 供应链
电商运营需频繁跨平台操作?实在 Agent 能否实现 “一键自动化”?
RPA(机器人流程自动化)并非物理机器人,而是模拟人类操作的“数字员工”。它通过自动化重复性工作,如数据录入、报表处理等,解放人力,提升效率。从财务对账到人力资源管理,RPA已广泛应用于各行各业。随着AI加持,第三代RPA如实在Agent具备视觉识别与自然语言理解能力,实现“说句话就能干活”的智能自动化。它不是替代人类,而是让人专注创造与决策,成为数字化转型的核心力量。
399 1
|
11月前
|
存储 运维 安全
阿里云国际站OSS与自建存储的区别
阿里云国际站对象存储OSS提供海量、安全、低成本的云存储解决方案。相比自建存储,OSS具备易用性强、稳定性高、安全性好、成本更低等优势,支持无限扩展、自动冗余、多层防护及丰富增值服务,助力企业高效管理数据。
|
消息中间件 缓存 弹性计算
纯PHP+MySQL手搓高性能论坛系统!代码精简,拒绝臃肿
本内容分享了一套经实战验证的社交系统架构设计,支撑从1到100万用户的发展,并历经6次流量洪峰考验。架构涵盖客户端层(App、小程序、公众号)、接入层(API网关、负载均衡、CDN)、业务服务层(用户、内容、关系、消息等服务)、数据层(MySQL、Redis、MongoDB等)及运维监控层(日志、监控、告警)。核心设计包括数据库分库分表、多级缓存体系、消息队列削峰填谷、CQRS模式与热点数据动态缓存。同时提供应对流量洪峰的弹性伸缩方案及降级熔断机制,并通过Prometheus实现全链路监控。开源建议结构清晰,适合大型社交平台构建与优化。
535 11
|
数据采集 监控 安全
数字孪生与金融:风险管理的新工具
数字孪生技术通过构建物理实体或系统的虚拟模型,实现对金融市场的实时监控、客户行为分析、市场风险预测及业务流程优化,为金融机构提供了全新的风险管理工具,提升了风险管理的精准度和效率。
|
数据采集 存储 关系型数据库
数据采集:从何开始?
数据采集:从何开始?
729 65
|
数据采集 存储 DataWorks
DataWorks Copilot:让你的数据质量覆盖率一键飞升!
在数据加工链路中,如何确保高质量的数据产出是一个一直需要重点解决的问题。阿里云DataWorks的数据质量规则模板可以帮助用户建设数据质量,在离线表上定义相关的规则。为优化手动配置规则的工作量,DataWorks的智能助手 DataWorks Copilot 推出了数据质量规则推荐功能,您可以使用这一功能,一键提升数据质量覆盖度。
1238 20
DataWorks Copilot:让你的数据质量覆盖率一键飞升!
|
机器学习/深度学习 TensorFlow 算法框架/工具
RT-DETR改进策略【卷积层】| 利用MobileNetv4中的UIB、ExtraDW优化ResNetLayer
RT-DETR改进策略【卷积层】| 利用MobileNetv4中的UIB、ExtraDW优化ResNetLayer
544 12
RT-DETR改进策略【卷积层】| 利用MobileNetv4中的UIB、ExtraDW优化ResNetLayer
HTML 统一资源定位器(Uniform Resource Locators)1
统一资源定位器(URL)是用于标识互联网上资源位置的标准格式。URL通常由方案、主机、域名、端口、路径和文件名组成,如 `http://www.runoob.com/html/html-tutorial.html`。大多数用户通过域名访问网站,因为域名比IP地址更容易记忆。URL在Web浏览器中用于请求页面,通过 `<a>` 标签实现链接跳转。