1、了解一下有哪些转录因子
1、在网站http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/中查找已知转录因子有哪些
2、下载已有种子
根据第一步中已知的转录因子的简写，在http://pfam.xfam.org/search#searchKeywordBlock中检索相应的种子文件，如果有，则下载，若没有则下一步自己制作。
3、制作种子
- 在
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn中下载其原始序列。 - 截取原始序列的前200条，在
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/进行比对，输出文件格式为STOCKHOLM,并下载至本地。 - 使用hmmbuild工具，将sto文件转换为种子为种子文件xx.hmm
hmmbuild xx.hmm xx.sto
#hmm文件为输出文件
- 将待提取转录因子的蛋白质文件与种子文件进行对比，得出相应转录因子的序列号，输出为txt格式。
hmmsearch xx.hmm xx.pep.fa >xx.txt
- 从输出文件中提取出对应的ID号，并保存为纯文本格式，每一个序列号独占一行。
(关于ID的提取，主要是提取阈值以上的ID号，其他信息一概舍去)
perl fetch.pl ID.txt xx.fas
这一步也可以用ccj的TBtools来完成。
