准备参考序列
注意:这一步必须在后续步骤之前运行。
通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的track，这为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。生成的track 会为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。
主要用到工具是prepare-refseqs.pl,他的用法很多，如下：
prepare-refseqs.pl --gff <GFF file> [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --fasta <file1> --fasta <file2> [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --indexed_fasta <file> [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --twobit <file> [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --conf <JBrowse config file> [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --sizes <sizes file> [options]
更多内容用prepare-refseqs.pl -h查看。
# 以下操作在jbrowse家目录，序列文件根据实际情况修改
bin/prepare-refseqs.pl --fasta ~/lyrata/Sequence/Alyrata_384_v1.fa
这就会在当前生成data文件夹，直接访问I地址所看到的序列就来源于该文件夹。
准备特征序列
特征序列一般以"gff|gbk|bed"格式存放，用于注明序列的信息。所需工具为flatfile-to-json.pl
bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/lyrata/Annotation/Alyrata_384_v2.1.gene.gff3 --trackType CanvasFeatures --trackLabel lyrata
结果是在当前目录下生成data，data里包括序列track配置文件. 同样可以用--out参数输出到指定文件夹。
bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/Athalina/TAIR10/TAIR10_GFF3_genes.gtf --tracklabel gene --out ./Athaliana/
快捷搜索
除了在JBrowse上通过具体位置定位外，我们还可以0JBrowse上通过基因名快速定位到目标区间，只需要在上两步的基础上运行下面程序即可。
bin/generate-names.pl
