都8102年了,还用fastq-dump,快换fasterq-dump吧
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。
虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码
fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra
# 加上--gzip后需要时间进行文件压缩
当然除了参数问题,还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程,所以速度特别的慢。