在 Apache Flink 中，当你开启 Checkpointing 时，Flink 将会对数据进行增量 checkpoint，这样可以在故障发生时恢复到特定的状态。然而，根据你的描述，似乎在开启 Checkpointing 时，数据量变大了。这可能是由于以下原因：
- 全量同步的数据：在某些情况下，Flink 在开启 Checkpointing 时，可能会首先进行一次全量同步，以确保所有的数据都能被正确地 checkpoint。这可能会使初始的数据量看起来变大了。
- 数据冗余：如果开启了 Checkpointing，Flink 可能会在处理数据时创建一些额外的冗余数据，以支持故障恢复。这可能会导致数据量变大。
- 状态管理：Checkpointing 需要进行状态管理，因此可能会产生一些额外的数据。这可能会使数据量变大。
不过，你提到当设置为 StartupOptions.INITIAL_MODE 时会出现这个问题，这让我有些疑惑。根据我所知，StartupOptions.INITIAL_MODE 应该只影响 Flink 的启动模式，而不会直接影响到 Checkpointing 或数据同步的行为。
为了解决这个问题，我建议你：
- 检查日志：查看 Flink 的日志，看是否有任何与 Checkpointing 或数据同步有关的错误或警告。
- 调整配置：调整 Flink 的配置参数，如
state.backend、state.checkpoint-interval、taskmanager.memory.state-backend.rocksdb.local-direct-memory-size等，以优化状态管理和数据同步的性能。 - 测试其他版本：如果你使用的是 Flink 和 CDC Connector 的预览版或早期版本，那么我建议你尝试升级到最新的稳定版，看看问题是否仍然存在。
- 检查数据库设置：确保你的 SQL Server 2016 数据库设置是正确的，特别是与 CDC 和 Flink 相关的设置。
如果问题仍然存在，我建议你创建一个新的 issue 在 Flink 的社区或者论坛中，这样你可以得到更专业的帮助和解答。
