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写在前面
【这图怎么画】系列的图都来自VIP群里同学的提问。推文只是对图片的复现，不代表作者对图片展现形式的认同。欢迎同学们在群里分析有意思的图片。
本期图片
❝「Title：」A distinct clade of Bifidobacterium longum in the gut of Bangladeshi children thrives during weaning
「Journal：」Cell
「DOI」：10.1016/j.cell.2022.10.011
❞❝Box shows interquartile range, whiskers show data range, and the horizontal line in the box shows the median. Dashed lines show longitudinal trends connecting medians across time points.
箱线图，虚线为中位数连线。
❞
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# data prepare data <- data.frame(runif(30,0,1), runif(30,0.8,1), runif(30,0.8,1), runif(30,0.25,0.85), runif(30,0,0.7), runif(30,0,0.5), runif(30,0,0.1)) row.names(data)<- paste0('sample',1:30) colnames(data) <- paste0('time',1:7) data$sample = row.names(data) head(data) # wide to long library(tidyr) dt_plot <- gather(data, time, value,-sample) head(dt_plot) # calculate grouped medians median = data.frame(time = paste0('time',1:7) , median = tapply(dt_plot$value, dt_plot$time, median) ) head(median) ## plot library(ggplot2) library(ggbeeswarm) ggplot(dt_plot,aes(time,value))+ geom_boxplot()+ geom_beeswarm(shape = 21,color = '#9ca7ce',fill = '#9ca7ce', size = 3.5,cex = 1.5, stroke = 0.6,alpha = 0.8)+ geom_line(data = median, mapping = aes(x = time, y = median, group=1), color="black",linetype = 'longdash',size = 2)+ theme_bw()+ labs(x = "", y = "")+ ggtitle("My Plot Title")+ theme(axis.text.x = element_text(color="black",size=14), axis.text.y=element_text(color="black",size=14), plot.title = element_text(size = 14, face = "bold", color = "black"), panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid")) ggsave('boxlpotwithline.pdf',width = 5,height = 5)
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