写在前面
【这图怎么画】系列的图都来自VIP群里同学的提问。推文只是对图片的复现，不代表作者对图片展现形式的认同。欢迎同学们在群里分析有意思的图片。
本期图片
ML-heatmap
❝VIP群里同学的提问，图片来源未知，很显然相较于图片的绘制，本图的数据来源才是难点。基本思路就是：模型+循环，这里就先按下不表。本篇推文还是简单来画个图。
❞
复现结果
result
示例数据和代码领取
绘图
library(RColorBrewer) library(ComplexHeatmap) ## sample model_data <- data.frame(row.names = paste0('model',1:20), data1 = runif(20,0.55,0.90), data2 = runif(20,0.55,0.85), data3 = runif(20,0.55,0.85), data4 = runif(20,0.55,0.85)) ## 平均C-index mean <- apply(model_data, 1, mean) mean_sort <- sort(mean, decreasing = T) model_data <- model_data[names(mean_sort), ] ## plot ### barplot row_bar = rowAnnotation(bar = anno_barplot(mean_sort, bar_width = 0.8, border = FALSE, gp = gpar(fill = "#aa9b81", col = NA), add_numbers = F, # 不显示数字 width = unit(2, "cm")), show_annotation_name = F) ### top annotation CohortCol <- c('#bc492f','#316da8','#428458','#7c76b0') # 设置队列颜色 names(CohortCol) <- colnames(model_data) col_title = columnAnnotation("Cohort" = colnames(model_data), col = list("Cohort" = CohortCol), show_annotation_name = F) hm <- Heatmap(as.matrix(model_data), name = "C-index", right_annotation = row_bar, top_annotation = col_title, col = c("#58aaa1", "#FFFFFF", "#e7bc6a"), rect_gp = gpar(col = "gray", lwd = 1), cluster_columns = FALSE, cluster_rows = FALSE, show_column_names = FALSE, show_row_names = TRUE, row_names_side = "left", column_split = factor(colnames(model_data), levels = colnames(model_data)), column_title = NULL, heatmap_legend_param = list( border = 'black' ), cell_fun = function(j, i, x, y, w, h, col) { # add text to each grid grid.text(label = format(model_data[i, j], digits = 3, nsmall = 3), x, y, gp = gpar(fontsize = 10)) } ) ## save pdf("Cindex.pdf", width = 6, height = 7) draw(hm) invisible(dev.off())
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