生信人必备的Linux命令(一)

简介: 生信人必备的Linux命令(一)

1. 免密码登录服务器

ssh有两种认证方式,一种是使用密码,一种是使用密钥来进行登录,这里介绍使用密钥登录的方法。

1.1. 生成密钥

ssh-keygen example@email.com

1.2. 将密钥传送到服务器

ssh-copy-id username@ip

1.3. 设置别名

通过设置home目录下的.ssh文件下的config文件

#  ~/.ssh/config
Host 别名   # 这里你可以设置一个人简短的名字
   HostName ip  # 上一步目标服务器的ip
   Port 22
   User 上一步你的用户名

设置完成后,我们就可以使用别名来直接进行登录了,假如你设置的别名是deng,那么你就可以使用下面这种方法来进行登录。

ssh deng

Windows用户因为没有bash终端,所以上面的命令不能执行,你可以通过下载一个git bashhttps://gitforwindows.org/)来解决这个问题。另外,Windows的目录应该是C:\Users\你的用户名\.ssh,其余操作与Linux相同。这里推荐你安装一个Windows下的WSL子系统(不在本文的讨论范畴),这样就可以直接通过WSL作为跳板机,来进行服务器的登录。

2. 文件目录

2.1. pwd

显示当前目录

2.2. cd

进入目录

按一次tab键可以自动补全路径,按两次可以将所有匹配的路径列出来

cd        # 进入home目录
cd ../    # 进入上一级目录(相对的)
cd /      # 进入根目录(绝对的)
cd ../../ # 进入上一级的上一级目录(相对的)
cd /opt   # 进入根目录下的opt目录下

2.3. ls

列出文件和目录

ls         # 列出当前目录下的文件和目录
ls /opt    # 列出/opt目录下的文件和目录
ls -l      # 列出当前目录下的文件和目录(带有详细信息)
ls -a      # 列出当前目录下的所有的文件和目录
ls -t      # 按照最后一次修改时间进行排序
ls -h      # 以人易于理解的方式显示信息(文件大小以Kb Mb Gb进行显示)

2.4. du

查看目录和文件的大小

du -h            # 以人类易于理解的方式进行显示
du --summarize   # 当前目录的大小信息
# 显示N级的大小信息,N=0时,等价于--summarize
# N=1时,显示当前目录下,各个目录和文件的大小信息
du --max-depth=N 

2.5. touch

创建文件

touch  文件名

2.6. mkdir

创建目录

mkdir 目录名

3. 文件浏览

3.1. cat

将文件内容全部打印出来

cat 文件名      # 打印当前文件
cat -n  文件名  # 打印时带有行号

3.2. less

浏览文件内容,可以使用上下左右方向键来控制内容移动

less  文件名    # 浏览当前文件
less -S 文件名  # 不换行显示内容
less -N 文件名  # 显示行号

3.3. head

显示文件前几行的内容

head 文件名         # 显示文件前10行内容
head 文件名 -n 100  # 显示文件前100行内容

4. 文件改动

4.1. rm

删除文件和目录

rm 1.txt        # 删除1.txt文件
rm -r test      # 删除test目录和该目录下的内容(相当于删除了一个文件夹)
rm -f 1.txt     # 强制删除1.txt
rm -i 1.txt     # 在删除之前会再次向你确认是否要进行删除操作

4.2. mv

移动/重命名  文件和目录

mv 1.txt 2.txt      # 把1.txt重命名为2.txt
mv 1.txt /opt       # 把1.txt移动到/opt目录下
mv test /opt        # 把test目录移动到/opt目录下
mv test /opt -i     # 把test目录移动到/opt目录下,如果/opt下已经存在同名的test目录,会询问是否覆盖
mv test /opt -f     # 把test目录移动到/opt目录下,如果/opt下已经存在同名的test目录,会直接是否覆盖

4.3. cp

复制文件

cp 1.txt 2.txt      # 将1.txt复制一份,存为2.txt
cp -r test /opt     # 将test目录和其中的内容复制到/opt目录下

5. 文件权限

5.1. 权限说明

在运行ls -l命令时,可以看到以下信息,第一列即为权限信息

root@sajhkjfsdhsds45sdfsd:/$ ls -l
total 1364
drwxr-xr-x  1 root root    4096 Nov  5 09:21 bin
drwxr-xr-x  1 root root    4096 May 14  2019 boot
drwxr-xr-x  1 root root    4096 Nov 12 09:16 dev
drwxr-xr-x  1 root root    4096 Nov 12 09:16 etc
drwxr-xr-x  1 root root    4096 Jul 15  2020 home

完整的权限信息为drwxrwxrwx,第一个字母代表类型,d为目录,后面的9个字母可以看作3个rwx的重复

  • r  代表读取权限
  • w  代表写入权限
  • x  代表执行权限

第一组是所有者的权限,第二组是群组的权限,第三组是其他用户的权限,在编写shell时,可能会出现文件不能执行的问题,这主要是因为没有x权限,你可以通过以下命令来设置权限

5.2. chomod

假如这里有一个test.sh文件,他的权限信息为-rw-r--r--,即这个文件用户是没有执行权限的,我们可以通过下面的命令来加上X权限

chmod u+x test.sh  # u就是user  x就是执行权限  u+x就是给user加上执行权限
chmod u-x test.sh  # u就是user  x就是执行权限  u-x就是给user去掉执行权限

6. 文件压缩

6.1. tar

用来打包文件

tar -cf 1.tar 1.txt     # 把文件1.txt打包成1.tar
tar -cf test.tar test/  # 把目录test打包成test.tar
tar -xf 1.tar           # 把1.tar这个包打开(解包)
tar -zxf test.tar.gz    # 直接将test.tar.gz解压解包成test

6.2. gzip/gunzip

压缩和解压

gzip 1.tar         # 将1.tar压缩,得到1.tar.gz
gunzip  1.tar.gz   # 将1.tar.gz解压,得到1.tar

6.3. zcat/zless

直接查看压缩文本文件的内容

zcat 1.txt.gz   # 结果与cat相同
zless 1.txt.gz  # 结果与less相同

7. 进程管理

7.1. ps

查看当前系统运行的进程

ps            # 打印出当前系统的进程
#  PID TTY          TIME CMD
#   14 tty2     00:00:00 bash
#   67 tty2     00:00:00 ps
ps -aux       # 通过CPU和内存的使用来过滤出当前用户进行的进程

7.2. kill

停止一个进程

kill pid      # 停止pid号对应的进程,pid号为ps输出的第一列
kill -9 pid   # -9 为强制停止

7.3. nohup

将一个任务放到后台执行

nohup  命令  &                # 在后台运行命令,默认输出nohup.log日志文件
# nohup gunzip test.gz &     在后台解压文件
nohup 命令 >/dev/null 2>&1 &  # 在后台运行命令,同时不输出日志内容

8. 下载

8.1. wget

下载内容

wget https://www.baidu.com/index.html  # 将该网址的内容index.
# 将该网址的内容index.html下载下来,保存为index1.html
wget https://www.baidu.com/index.html -O index1.html  
# 将该网址的内容index.html下载下来,保存为index1.html,同时保存到/opt目录下
wget https://www.baidu.com/index.html -O index1.html  -P /opt 
# 断点续传(下载一半突然命令被关掉了,下次下载的时候从上次的地方接着下载)
wget -c https://www.baidu.com/index.html

8.2. scp

从服务器上传/下载文件

# 从服务器下载到本地
# 将服务器/opt目录下的test.txt下载到当前目录
scp username@ip:/opt/test.txt ./1.txt
# 从本地上传到服务器
# 将本地的1.txt上传到服务器的/opt目录下
scp ./1.txt username@ip:/opt/
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